Una mela d’oro cade dallo spazio su di una montagna nei pressi di Nuova Luxor da cui rinasce un antico tempio, il potere della mela d'oro riporta in vita 5 misteriosi cavalieri. La mela attira a sé la giovane Daisy, aiutante di Lamia al collegio e amica dei cavalieri, nonché incarnazione di Eris, dea della Discordia. Lo scopo di Eris è quello di vendicarsi di Atena. Così la rapisce Lady Isabel e la incatena al’altare del sacrificio, subito dopo lancia la sfida ai Cavalieri dello Zodiaco invitandoli a venire a salvare Atena. I cavalieri corrono in aiuto della loro dea ed Eris contrappone loro i suoi cavalieri ombra. Così Pegasus vince Lesia da cui però viene trafitto da una freccia avvelenata che gli fa man mano perdere le forze, poi Cristal ha la meglio su Relta, Sirio su Ian dello Scudo e Phoenix, giunto in aiuto di Andromeda, su Orfeo. Pegasus e Phoenix fronteggiano Serian d’Orione, il più potente degli avversari, ma vengono sconfitti finché Pegasus, con l’aiuto del cosmo dei suoi compagni, espande il suo cosmo e indossa la Sacra Armatura del Sagittario che gli permette di battere Serian e con la freccia d’oro distrugge Eris e la mela d’oro liberando Lady Isabel e Daisy.

Tra i ghiacci del Nord un uomo è attaccato da misteriosi guerrieri, ma in suo soccorso giunge Cristal, ma l’uomo lo mette in guardia da Asgard, cittadina all’estremo nord, ma dopo questo episodio del cavaliere del Cigno non si hanno più notizie. Lady Isabel, accompagnata dai cavalieri, si reca ad Asggard in cerca di Cristal, lì vengono accolti con tutti i convenevoli del caso da Balder, celebrante di Odino, che dichiara di non aver notizie di Cristal. In seguito viene ritrovato l’elmo del Cigno così i cavalieri iniziano la ricerca dell'amico. Balder rivela ad Atena il suo reale intento che quello di estendere il proprio potere sul mondo intero, così rapisce la giovane e la imprigiona nella prua della nave di Odino. A questo punto inizia un'aspra battaglia con i Cavalieri del Nord contro Pegasus e compagni. Andromeda e Phoenix combattono contro Uru e Ruhnir. mentre Sirio ingaggia battaglia contro Midgard, ma sotto la maschera del cavaliere del nord si cela Cristal, che ha subito la manipolazione della mente da parte di Balder. Pegasus affronta e sconfigge Loky, braccio destro di Balder, poi insieme agli altri cavalieri, compreso Crystal che nel frattempo si è ripreso, affrontano Balder. Pegasus riesce a sconfiggere il celebrante di Odino con l’ausilio della Sacra Armatura mentre Lady Isabel viene liberata grazie al sacrificio di Freyr, principe di Asgard.

Apollo è tornato sulla Terra e con lui i Cavalieri d’Oro caduti alle Dodici Case. Il suo scopo è quello di purificare la Terra per questo chiede aiuto a sua sorella Atena che decide di seguirlo abbandonando i cavalieri di bronzo che rimangono increduli alla decisione della loro dea. Le reali intenzioni di Lady Isabel sono però quelle di contrastare il fratello senza chiamare in causa i cavalieri, ma mentre tenta di colpire Apollo viene essa stessa colpita mortalmente dal fratello. Acquarius e Capricorn si ribellano ad Apollo e vengono uccisi dai cavalieri di Apollo. Pegasus, ancora scosso, si reca in Grecia dove si imbatte in Atlas della Corona e non trovando più motivazione viene sconfitto, intanto giungono al tempio di Apollo anche Sirio, che si scontra e vince Cancer ma viene sconfitto da Berenice, Andromeda, che con l’aiuto di Phoenix ha la meglio su Fish, e Crystal che sconfigge Berenice. Pegasus si scontra poi con Gemini. Il cavaliere d'oro tenta di scuotere Pegasus facendogli capire che può ancora salvare Aten. Sul campo di battaglia giunge Jao, così Gemini si sacrifica per permettere a Pegasus di proseguire. Una volta giunto al tempio di Apollo, l'eroe si ritrova a combattere contro Atlas, ultimo baluardo di Apollo, e come gli altri cavalieri prima di lui viene sconfitto ancora. Ma in aiuto dei cavalieri giungono in aiuto le armature d’oro del Sagittario, della Bilancia e dell’Acquario che consentono a Pegasus, Sirio e Crystal di sconfiggere Atlas. Una volta dinnanzi ad Apollo, Pegasus riesce ad avere la meglio sul dio grazie alla freccia d’oro, salvando così Atena.

Lucifero, il più temibile dei rivali, è tornato sulla Terra. Il suo scopo è vendicarsi di Atena, rea di averlo relegato nella più profonda oscurità, e per farlo sta per riportare in vita le divinità già sconfitte dai Cavalieri, ovvero Nettuno, Discordia e Apollo. I suoi demoni attaccano con successo i cavalieri d’oro rimasti a guardia delle Dodici Case, dopodiché decapitano la statua di Atena posta in cima al Santuario. Dopo un breve scontro tra i demoni di Lucifero e Pegasus, Andromeda e Cristal, dove vengono sconfitti e feriti gravemente, Lady Isabel decide di seguire Lucifero per sottoporsi al suo supplizio nel tentativo di mantenere la pace sulla Terra. I cavalieri di Atena corrono in suo soccorso, ma devono prima sconfiggere i demoni di Lucifero. Sirio ferma la corsa Astaroth, Andromeda e Phoenix si scontrano con Eligor e Crystal ha la meglio su Molock, Pegasus raggiunge Lady Isabel, ma prima deve affrontare Belzebù. Poco dopo Pegasus viene raggiunto da Phoenix, che però subisce il colpo di Lucifero, rimanendo a terra. Subito dopo giungono Sirio, Cristal e Andromeda che impegnano Belzebù favorendo Pegasus che può così indossare la Sacra Armatura del Sagittario. Con la potenza di un cavaliere d'oro, Pegasus riesce prima a sconfiggere Belzebù poi scocca la freccia d'oro che pone fine ai piani di Lucifero relegandolo di nuovo nell'oscurità, salvando la dea.

Dopo la Guerra Sacra, Pegasus è costretto su una sedia a rotelle in uno stato di incoscienza a causa della spada di Ade, quando viene improvvisamente attaccato da tre misteriosi guerrieri. Il loro attacco va, però, a vuoto poiché il giovane è protetto dal cosmo di Atena. i tre si presentano alla dea come angeli di Artemide ed hanno il compito di uccidere i cavalieri di bronzo. Atena si reca dalla sorella chiedendo di risparmiare la vita ai suoi cavalieri in cambio del Santuario e rinunciando così ai suoi poteri divini. Pegasus si risveglia dal torpore in cui versava e si reca al Grande Tempio dove viene accolto da Tisifone che lo invita ad abbandonare il luogo, ora sotto l’egemonia di Artemide. Il cavaliere si rifiuta di farlo e così è costretto a battersi con l’amica, venendo prontamente sconfitto. Nei pressi del Santuario Andromeda e Phoenix sono costretti alla battaglia da uno degli angeli di Artemide, Teseo. Lo scontro è inizialmente a favore di Teseo ma poi i due fratelli riescono ad avere la meglio unendo le loro forze. Intanto Pegasus ritrova per caso la sua armatura che però inizialmente lo rifiuta perché l'eroe non riesce più a bruciare il suo cosmo. Una volta indossata, Pegasus si imbatte in Sirio e Crystal che sono impegnati nello scontro con Odisseo, i tre cavalieri di bronzo vengono sconfitti ma Sirio e Crystal uniscono le loro forze residue e vincono il nemico favorendo la corsa di Pegasus verso Atena. Duarante la sua corsa Pegasus si scontra con Icaro, che scopre essere il fratello di Castalia. Durante lo scontro, Pegasus viene ridotto ai minimi termini, finché Atena non libera il suo cavaliere dalla maledizione di Ade. Pegasus riprende lo scontro con Icaro, alla fine Pegasus riesce ad avere la meglio. Icaro si pone a difesa di Atena quando Artemide cerca di trafiggerla con una freccia venendo colpito in pieno petto. In quel momento fa la sua comparsa Apollo, che ha come obbiettivo quello uccidere Atena. Pegasus si pone a difesa della sua dea dando inizio allo scontro tra l’umanità e le divinità.