Lady Isabel riceve la visita del fratello Apollo che si è liberato dal limbo dove fù rinchiuso e spiega ad Atena che lui è tornato per punire il genere umano che ormai, a suo dire, è colmo di odio e corruzione e per farlo chiede a Lady Isabel di affiancarlo e per questo riporta in vita i cavalieri d'oro caduti nella corsa alle dodici case. Sul luogo giungono Pegasus, Crystal, Sirio e Andromeda che restano sorpresi nel vedere Apollo e i cavalieri d'oro riportati in vita ma restano più sorpresi quando Lady Isabel decide di seguire Apollo, Pegasus non riesce a farsene una ragione e chiede spiegazione alla sua dea ma viene attaccato dai cavalieri di Apollo mentre Lady Isabel si allontana con il fratello.

Una volta nel tempio di Apollo in Grecia Lady Isabel sembra incantata dalla musica della lira suonata da suo fratello Apollo ma cerca di approfittare del momento di calma per colpirlo con il suo scettro ma Apollo evita il colpo e chiede spiegazioni alla sorella, così Atena gli rivela che le sue reali intenzioni sono quelle di fermarlo e proteggere il genere umano. Apollo, anche se a malincuore, ferisce mortalmente Lady Isabel e con il suo cosmo la accompagna verso i Campi Elisi, Capricorn e Acquarius corrono in soccorso della dea provando ad attaccare Apollo ma vengono sconfitti e uccisi dai suoi cavalieri. A Nuova Luxor i cavalieri, riuniti, sono ancora scossi dall'abbandono della dea e le cose vanno peggio quando sentono il cosmo di Atena spezzarsi in due.

Pegasus decide di recarsi in Grecia per combattere Apollo mentre Sirio si reca ai Cinque Picchi per consultarsi con l'anziano maestro. Giunto in Grecia Pegasus si imbatte in Atlas della Corona, cavaliere di Apollo, durante lo scontro Pegasus è demotivato dalla morte di Lady Isabel e non trova la forza per combattere e cade sotto i colpi di Atlas che lascia al suolo l'eroe ormai privo di sensi. In prossimità del tempio di Apollo sono giunti Crystal, Andromeda e Sirio e proprio quest'ultimo si imbatte in Cancer desideroso di vendicarsi della sconfitta subita alla quarta casa e subito il cavaliere d'oro spedisce Sirio alla bocca di Ade, lì Sirio vede che Atena ancora non è giunta alla bocca dell'altro mondo e che quindi sono ancora in tempo per salvarla, poi il cavaliere del Dragone attacca Cancer sconfiggendolo ma una volta tornato al tempio viene attaccato alle spalle da Berenice, il colpo manda in frantumi l'armatura del Dragone. Anche Andromeda si imbatte in un cavaliere d'oro infatti al suo cospetto si presenta Fish, anche lui desideroso di vendicarsi della sconfitta subita al Grande Tempio e così lo colpisce con la rosa bianca atterrandolo ma in suo soccorso giunge Phoenix che salva Andromeda e sconfigge Fish poi con Andromeda si incammina verso il tempio di Apollo con Andromeda ma anche loro subiscono un attacco alle spalle portato da Atlas che ferma la loro corsa. Giunto al tempio di Apollo Crystal incontra Apollo che gli chiede di creare un sarcofago di cristallo per imprigionare il corpo della dea, il cavaliere Cigno rifiuta e viene attaccato da Berenice che con i suoi colpi ferisce l'avversario ma Crystal trova la forza di reagire guardando la croce del nord che gli donò la madre e sferra un attacco che sconfigge Berenice. Pegasus ripresosi si trova di fronte a Gemini che lo attacca al solo scopo di farlo reagire e combattere e risvegliare in lui il settimo senso, Pegasus riesce a risvegliarlo quando sconfigge Gemini ma solo in quel momento l'eroe capisce le intenzioni di Gemini che decide di sacrificarsi per battere Jao e permettere a Pegasus di continuare la sua corsa. Alla sommità del tempio di Apollo giungono tutti e cinque i cavalieri che vengono ancora atterrati dagli attacchi portati da Atlas, rimasto ormai unico guardiano di Apollo, ma in aiuto dei cavalieri giungono le sacre armature del Sagittario, della Bilancia e dell'Acquario che si posano su Pegasus, Sirio e Crystal riacquistando le forze così sconfiggono Atlas. Una volta giunti dinnanzi ad Apollo i tre provano a colpirlo ma il dio rigetta indietro i colpi atterrando i cavalieri, nonostante il vantaggio il dio del sole ha timore della determinazione di Pegasus che con il potere del suo cosmo unito a quello degli altri cavalieri riesce a salvare Lady Isabel risvegliandola, una volta salvata la dea Pegasus trova la forza per scoccare la freccia d'oro del Sagittario contro Apollo che viene sconfitto.