Dopo la Guerra Sacra con Ade, Pegasus è costretto a stare su una sedia a rotelle in uno stato comatoso per via della ferita infertagli da Ade, ad un tratto tre nuovi cavalieri si presentano davanti a lui attaccandolo ma il giovane viene salvato da Lady Isabel, che nel frattempo si è presa cura di lui. I guerrieri informano la dea che la loro missione è uccidere i cavalieri che hanno osato sfidare le divinità su ordine della sorella di Atena, la dea Artemide. La ragazza si reca dalla sorella ed in cambio della vita dei suoi cavalieri le cede lo scettro con i suoi poteri divini e il Santuario, la sorella accetta lo scambio prendendo, così i poteri di Atena.

Dopo la partenza di Lady Isabel, Pegasus si risveglia improvvisamente dal suo torpore e vagabondando senza meta si imbatte in Castalia che prima gli spiega cosa gli è capitato poi lo indirizza al Grande Tempio, intanto in un posto non ben definito del mondo dei morti gli dei, per punire la loro insolenza nei loro confronti, sigillano le anime dei cavalieri d'oro caduti nell'ultima Guerra Sacra. Pegasus giunge al Grande Tempio dove viene a sapere da Tisifone che Atena ha abdicato in favore della sorella Artemide e che quindi i cavalieri di Atena non esistono più e che quindi lui è considerato un intruso e viene attaccato dalla sacerdotessa, nel tentativo di reagire Pegasus si accorge che non riesce più a bruciare il suo cosmo e viene facilmente sconfitto da Tisifone che lo fa cadere in fondo ad un burrone. Appena si rialza, Pegasus trova lo scrigno contenente la sua armatura ma appena si avvicina ad essa il suo corpo sembra rifiutarla ma poi riesce ad indossarla. Al tempio di Artemide Atena sta versando il proprio sangue allo scopo di espiare le colpe dei suoi cavalieri.

Alle porte del Grande Tempio Andromeda è alla ricerca di Atena ma sul suo percorso trova uno degli angeli di Artemide, Teseo, che ha il compito di uccidere i cavalieri di Atena, i due avversari iniziano lo scontro e subito l'angelo fa prevalere la sua potenza atterrando più volte Andromeda fin quando sul campo di battaglia si presenta Phoenix, giunto in aiuto del fratello, che malgrado la sua forza viene anche lui atterrato da Teseo, l'angelo di Artemide rimane però affascinato dalla tenacia che dimostrano i suo avversari ogni qual volta essi si rialzano pronti a battersi. Andromeda e Phoenix si rialzano ancora sorretti dal cosmo dei cavalieri d'oro giunto in loro aiuto e sferrano un attacco incrociato all'avversario riuscendo a sconfiggerlo, ma la fatica è troppa e i due cavalieri cadono a terra stremati.

Pegasus riprende il suo cammino in cerca di Lady Isabel e giunge sul campo di battaglia dove Sirio e Crystal stavano affrontando l'angelo Odisseo venendo atterrati con le armature in frantumi, Pegasus si trova faccia a faccia con l'angelo e, nonostante gli amici gli intimano di andarsene, si prepara ad affrontarlo nonostante non riesca a bruciare il suo cosmo così i colpi che scaglia contro l'avversario gli vengono rimandati contro da Odisseo che, come Teseo, è meravigliato dalla tenacia dei suoi avversari che si rialzano permettendo a Pegasus di continuare e scagliare i loro colpi bruciando fino ai limiti il loro cosmo riuscendo a sconfiggere Odisseo.

Pegasus continua il suo cammino ma è raggiunto da Icaro, il terzo angelo di Artemide, che una volta era un semplice umano ma ora, essendo l'angelo più vicino ad Artemide, aspira a diventare un dio. Icaro di batte con Pegasus avendo subito la meglio tanto che nutre dei dubbi che sia realmente Pegasus il deicida, sopratutto perché il suo cosmo non è forte come dovrebbe, in aiuto del cavaliere giunge Castalia che riconoscendo il ciondolo di Icaro lo riconosce come il fratello di cui aveva perso le tracce anni fa, Icaro rinnega le parole di Castalia perché ha rinunciato alla sua natura umana, poi prova ad attaccarla ma è difesa da Pegasus che cade in un burrone mentre Castalia si allontana.

Icaro si ritrova da solo e pensieroso quando è raggiunto dalla dea Artemide alla quale espone i suoi dubbi riguardo i cavalieri di Atena e la razza umana ma la dea lo tranquillizza ordinandogli di uccidere Pegasus sotto gli occhi di Atena mentre l'eroe si avvicina al luogo dove sta avvenendo il sacrificio di Atena fin quando non viene raggiunto ancora da Icaro che con un colpo lo scaglia nella sala dove c'è Atena che è decisa a uccidere il suo cavaliere che, ormai senza forze, accetta la decisione della sua dea così Atena chiede ad Artemide di ridargli lo scettro poi trafigge il cavaliere ma anziché ucciderlo lo libera dalla maledizione di Ade facendo sì che possa bruciare al massimo il suo cosmo mentre i suoi compagni si rialzano e riprendono il loro cammino verso Atena.

Ormai guarito Pegasus può fronteggiare Icaro riuscendo a sconfiggerlo, l'angelo viene salvato poi dalla sorella Castalia che gli ricorda il suo vero nome, Toma, che si scusa con la sorella per aver rinnegato la sua natura umana, mentre Atena si prepara a contrastare la sorella Artemide affermando che sono gli dei al servizio dell'umanità e non viceversa dichiarando guerra agli dei, sentitasi tradita scossa una freccia con il suo arco divino contro la sorella che però colpisce Toma che fa da scudo ad Atena con il suo corpo chiedendo poi ad Artemide di risparmiare la sorella. In quel momento irrompe sulla scena il dio Apollo che prende Atena apprestandosi ad ucciderla ma la salva Pegasus che sfida apertamente il dio preparandosi a difendere la sua dea anche dal dio Apollo.

Si riprende con Pegasus che si trova in una baita di montagna pronto a partire e Lady Isabel alle sue spalle che gli augura di trovare ciò che sta cercando.