Alto nei cieli si consuma lo scontro tra Micene e Capricorn e Gemini che hanno lo scopo di fermare il cavaliere del Sagittario. Dopo essere stato colpito a morte, Micene riesce a rifugiarsi con la neonata Atena sull'Himalaya. Lì, durante una missione esplorativa, viene trovato dal duca di Thule che, attraverso il cosmo di Micene, riesce a vedere cosa gli è successo. Così, prima che il cavaliere muoia, il duca decide di prendersi cura della fanciulla facendola crescere come sua nipote.

Sono passati sedici anni e Lady Isabel, la nipote adolescente dell'ormai defunto duca, viene accompagnata da Mylock all'aereoporto. Durante il tragitto l'uomo spiega alla giovane Isabel la leggenda dei cavalieri di Atena e di come suo nonno abbia cercato i ragazzi che sarebbero poi diventati cavalieri. Alla fine della conversazione, poi, rivela alla giovane Isabel che in realtà lei è la dea Atena. Durante il tragitto i due vengono attaccati dei misteriosi guerrieri, quando sembra che Isabel sia spacciata, in suo soccorso giungono Pegasus, Sirio, Andromeda e Cristal, i cavalieri di Atena che con i loro colpi si sbarazzano dei guerrieri inviati dal Grande Sacerdote di Grecia.

Al Grande Tempio, il Grande Sacerdote viene informato che la bambina che portava con sé Micene è riuscita a sopravvivere e che l'attacco portato dai cavalieri che sono stati inviati è fallito, il rapporto della guardie è tenuto in presenza di Ioria, fratello minore di Micene e cavaliere d'oro del Leone, che viene inviato dal Grande Sacerdote a recuperare la sacra armatura del Sagittario e uccidere Lady Isabel. Alla villa di Lady Isabel i cavalieri fanno il punto della situazione alla giovane Isabel che è ancora frastornata dall'attacco subito, così la informano che loro sono preposti alla sua difesa perché il Grande Sacerdote la vorrebbe morta, per cui la informano che devono raggiungere il Grande Tempio perché il suo posto è occupato da una falsa Atena. Isabel e i cavalieri vengono attaccati da Ioria che con la sua potenza atterra i cavalieri che hanno provato a difendere la giovane. Ioria è pronto a colpire il suo obbiettivo, ma prima che possa attaccare Isabel si rivela con il cosmo di Atena. Ioria, meravigliato da ciò, si accontenta di andare via con l'armatura del Sagittario, ma prima di andare invita Isabel a presentarsi al Grande Tempio. La giovane Isabel decide di accettare l'invito di Ioria ma subisce un attacco a sorpresa da parte di Betelgeuse che la colpisce con una freccia che assorbe poco a poco il suo cosmo. Durante la sua fuga, però, il cavaliere viene però raggiunto e sconfitto da Phoenix.

Il giorno dopo attraverso un portale creato dalle medagliette che evocano le armature, Atena e i suoi cavalieri raggiungono il Grande Tempio. Lì, il Grande Sacerdote fa figurare Pegasus e compagni come traditori preparando così i cavalieri d'oro alla battaglia. I cavalieri, per raggiungere il sacrario di Atena, devono oltrepassare le dodici case protette dai cavalieri d'oro. Partendo dalla casa dell'Ariete i cavalieri trovano ad aspettarli il Grande Mur che riconosce in Isabel la dea Atena e così lascia passare il gruppo di cavalieri che raggiungono la casa del Toro. Il cavaliere della seconda casa spiega l'importanza del settimo senso, poi inizia lo sconto con Pegasus. L'eroe viene messo in difficoltà dal potere di Toro, ma espandendo il suo cosmo riesce ad avere la meglio nello scontro che viene interrotto da Mur, infatti lo scopo di Toro era di mettere alla prova il potere dei cavalieri, intanto Lady Isabel inizia a risentire della freccia che sta disperdendo il suo cosmo. Mur avverte ai cavalieri che hanno solo poche ore ore per raggiungere il sacrario di Atena e salvarla. I cavalieri, su consiglio di Mur, avanzano verso le altre case e così lasciano la giovane nelle mani di Mur e Toro.

I cavalieri raggiungono la casa del Cancro, Sirio e Cristal aprono il passaggio a Pegasus e Andromeda che corrono verso la casa del Leone dove sono attaccati da Ioria. mentre gli altri due cavalieri vengono scaraventati all'ingresso degli inferi, ma Crostal viene salvato dal maestro Aquarius che con il suo cosmo lo porta nell'undicesima casa, ma Aquarius considerandolo un ribelle lo attacca. Alla quinta casa Pegasus non riesce a fronteggiare gli attacchi di Ioria finché non riesce dominare il settimo senso riuscendo a combattere alla pari con il cavaliere d'oro, ma quando questi sta per attaccare Andromeda interviene Virgo, che conscio della verità su Atena e sul Grande Sacerdote, gli libera la strada verso il sacrario di Atena fermando la mano di Ioria mostrandogli la vera natura del Sacerdote. Intanto infuria lo scontro tra allievo e maestro, i due cavalieri si scontrano lanciandosi il “Sacro Acuqarius” a vicenda, il colpo uccide Acquarius, il cui vero scopo era quello di completare l'addestramento dell'allievo in modo da proteggere Atena e fronteggiare gli altri cavalieri d'oro.

All'ingresso degli inferi continua lo scontro tra Sirio e Cancer, quando Sirio è sul punto cadere nella bocca di Ade riesce ad espandere al massimo il suo cosmo e colpendo Cancer che perde i pezzi dell'armatura del Cancro lasciandolo senza difese. Sirio si libera anch'egli dell'armatura e lo colpisce con il “Drago Nascente” sconfiggendolo. Pegasus e Andromeda giungono all'ottava casa dove Scorpio con un solo colpo li scaraventa nella nona, quella del Sagittario, dove ad attenderli c'è Capricorn. Intanto Isabel, con Mur e Toro, giunge alla quarta casa dove con il suo cosmo guarisce Sirio e Cristal mentre alla nona casa infuria la battaglia tra cavalieri. Pegasus si batte con Scorpio mentre Andromeda è in evidente difficoltà e viene atterrato da Capricorn, il cavaliere prova a rialzarsi e riprendere lo scontro quando in suo aiuto interviene Phoenix. Il cavaliere della Fenice si prepara a combattere con Capricorn mentre Pegasus riprende il duello con Scorpio. La vittoria dei cavalieri d'oro sembra certa quando nella sala giungono Virgo e Ioria che convincono i suoi compagni della lealtà dei cavalieri di bronzo e scoprono che dietro la maschera del Grande Sacerdote si cela Gemini. Alla nona casa giungono anche Lady Isabel e gli altri, la giovane dea salva Pegasus guarendo le sue ferite mentre nella sala del Sacerdote Gemini uccide Fish, cavaliere d'oro dei Pesci.

Il Grande Sacerdote risveglia una statua di pietra che viene affrontata dai cavalieri d'oro mentre alle spalle di Atena e dei cavalieri compare Gemini che finalmente mostra il suo vero volto e con i poteri assorbiti da Atena, attacca i cavalieri. Pegasus riesce a fermare il colpo del cavaliere d'oro, così i due danno vita ad uno scontro senza esclusione di colpi, con Pegasus che riesce a tenere testa al potere di Gemini anche grazie all'aiuto dei suoi amici che uniscono il loro cosmo a quello dell'eroe riuscendo a risvegliare il settimo senso. All'interno dell'arena, i Cavalieri d'Oro riescono a distruggere il mostro evocato da Gemini, ma i suoi resti vanno ad unirsi al cavaliere d'oro che, al massimo della sua potenza, si trasforma in un mostro mitologico diventandone il suo cuore. Gemini inizia a distruggere il Grande Tempio e Pegasus nel tentativo di fermarlo indossa l'armatura del Sagittario e salva Atena, poi insieme alla dea si preparano al duello finale. Quando Pegasus riesce ad avere a tiro il nemico si prepara a scoccare la freccia d'oro del Sagittario unito al cosmo di Atena riuscendo a distruggere Gemini.

Dopo la battaglia i cavalieri d'oro rimasti riconoscono ufficialmente Lady Isabel come la reincarnazione della dea Atena che viene riconosciuta anche da Gemini in punto di morte ormai libero dalla sua parte oscura, Lady Isabel prende consapevolezza del suo potere e lo offre per difendere i suoi cavalieri.