Capitoli Volume 1

01) Oreste

02) I Cavalieri di Atena

03) Sicilia

04) Resurrezione

05) Intermezzo

Nel 2012 la casa editrice Shueisha pubblica un romanzo in due volumi tratto da I Cavalieri dello Zodiaco scritto da Tatzuya Hamazaki con l'aiuto di Masami Kurumada. In realtà il romanzo Gigantomachia si tratta di una una fanfic ben scritta da Hamazaki, che al suo attivo ha anche scritture di altre novelle di altre opere come One Piece. I volumi sono formati da circa 200 pagine, l'opera non contiene immagini inedite ma provenienti dai precedenti numeri del manga ed all'interno di ogni volume sono presenti un doppio miniposter contenenti i cinque cavalieri di bronzo. In Italia è stato pubblicato da Kappa Edizioni nel 2008 con una pubblicazione molto fedele all'originale.

La storia narra la battaglia tra i cavalieri di Atena e i Giganti che vogliono resuscitare il loro dio Tifone.

Capitoli Volume 2

01) Echidna

02) Chioma

03) Blood

04) Chronos

05) Deus ex Machina

Ai tempi del mito la battaglia tra Atena e i suoi cavalieri contro i Giganti fù vinta dalla dea che sigillo i Giganti e il loro dio Tifone nella loro terra natale, la Sicilia. Questa guerra è conosciuta come Gigantomachia.

Al Grande Tempio regna la calma dopo lo scontro tra i cavalieri di bronzo e i cavalieri d'oro in occasione del tradimento di Gemini, ma una sera la calma è interrotta dall'arrivo al Santuario di tre oscure figure che subito versano sangue uccidendo dei soldati, questi sono i Giganti, risvegliatisi per uccidere Atena e i suoi cavalieri per resuscitare il loro dio Tifone. Intanto durante uno spettacolo teatrale Andromeda e Nikol sono attaccati da uno dei giganti mentre Pegasus tenta di fermare gli due che avevano ucciso le guardie, durante lo scontro nella biblioteca del Santuario Yuri sacerdotessa guerriero del Sestante, viene rapita da Mei, uno degli orfani che la fondazione di Thule inviò in giro per il mondo a diventare cavaliere e che ora è posseduto dallo spirito del dio Tifone, e consegnata ai Giganti. Dopo aver rapito Yuri con l'aiuto di Mei i Giganti si ritirano nel loro covo, l'Etna, Pegasus e Andromeda decidono di seguili per liberare la ragazza e partono per la Sicilia, con loro va anche Mei che gli fa da guida, essendosi addestrato in Sicilia con Cancer che gli ha fatto da maestro. Una volta giunti all'Etna Pegasus affronta il Gigante Agrio mentre Andromeda combatte con Toante, durante lo scontro interviene Crystal che aiuta Andromeda a sconfiggere Toante che prima di morire decide di donare la sua anime a Tifone seguito da Agrio ormai sconfitto da Pegasus, ma per far sì che la resurrezione della divinità sia completa occorre un sacrificio umano e così lo spirito di Tifone abbandona Mei per insinuarsi in Pegasus ma ancora non basta e così cerca di uccidere tutti i cavalieri che però vengono salvati da Atena mentre Tifone prende possesso del corpo offertogli da Encelade, nel suo nuovo corpo Tifone è pronto ad uccidere Mei, ma il ragazzo viene salvato dall'arrivo dell'armatura della Chioma di Berenice ma la successiva eruzione dell'Etna aumenta i poteri di Tifone che però non sono ancora completi e così si rifugia in Anatolia dove Echidna custodisce il feto con il vero corpo del marito. Yuri e Mei hanno un colloquio in cui Mei racconta alla sacerdotessa di essere stato manipolato dallo spirito di Tifone allora Yuri racconta al cavaliere la storia della Gigantomachia ma all'impovviso i due vengono attaccati da Pallade il Folle che uccide Yuri mentre Andromeda viene fatto prigioniero e portato in Anatolia. Mei decide di andare a liberare l'amico, appena è stato localizzato il covo di Tifone partono anche Pegasus, Sirio, Crystal e Nikol. In Anatolia durante lo scontro con Ladone Mei viene gravente ferito e viene usato come esca dal Gigante, Mei viene ritrovato da Nikol che però cade nell'imboscata e viene ucciso da Ladone ma prima di morire il cavaliere dell'altare rivela a Mei che il suo destino è legato a Tifone e alla Gigantomachia. Sul campo di battaglia Pegasus sconfigge il gigante Chimera mentre Crystal si libera di Otro e Sirio di Ladone mentre Mei riesce a riprendersi e si prepara a combattere con Tifone. Sul campo di battaglia accorre anche Phoenix che libera il fratello Andromeda e con il suo colpo distrugge il feto di Tifone che portava in grembo Echidna mentre Mei si trova a combatte con Tifone, il giovane è però morente per lo scontro avuto con Ladone ed è tenuto in vita dal potere della sua armatura così decide di sacrificarsi imprigionando Tifone e diventando lui stesso, con la sua armatura, il sigillo della prigione del Gigante come scritto nel suo destino.

I Giganti sono ormai sconfitti e i cavalieri assistono all'opera Oreste dopo una sanguinosa battaglia.