“Sin dai tempi del mito, ogni duecento anni circa, si ripete la Guerra Santa tra la dea Atena e il re degli Inferi Ade per ottenere l'egemonia della Terra.”

In un villaggio in Italia il futuro cavaliere di Pegaso, Tenma, e la futura reincarnazione di Ade, Aron, sono due orfani molto amici tra loro, Aron è un aspirante pittore dall'animo nobile mentre Tenma ha un carattere più brusco ma è disposto a tutto per proteggere Aron e i suoi amici. Un giorno Aron, seguendo il consiglio di un misterioso sacerdote, si reca su di un campo tra le montagne per cercare i colori che gli servono, in questo prato incontra Pandora che risveglia in lui lo spirito di Ade poi sviene. Aron viene ritrovato da Tenma grazie al suo cosmo, il giovane dopo aver accompagnato Aron all'orfanotrofio si reca al fiume per tentare che questo raggiunga il villaggio, lì Tenma riesce ad espandere il suo cosmo e distruggere il masso che lo ostacolava, alla scena assiste Dokho della Bilancia che gli chiede di seguirlo in Grecia per diventare cavaliere, Tenma accetta e prima di partire promette ad Aron di tornare cavaliere mentre Aron gli promette che sarebbe diventato pittore.

Al Grande Tempio di Grecia tutti i cavalieri d'oro sono riuniti nella sala del Grande Sacerdote mentre Tenma continua il suo addestramento insieme a Yato. Durante il suo addestramento incontra la sua amica d'infanzia Sasha che è la sorella di Aron, Sasha fu adottata alcuni anni prima ma poi di lei non si seppe più nulla, Tenma è sorpreso nel vedere l'amica e quando le chiede come mai si trovasse in Grecia i due vengono attaccati dallo specter Laimi giunto in Grecia per uccidere Atena. Tenma si pone in difesa di Sasha ma viene facilmente sconfitto da Laimi ma il pronto intervento di Sion dell'Ariete uccide lo specter e salva i due giovani poi si rivolge a Sasha chiamandola Atena. Dopo circa due anni di addestramento Tenma riesce a vincere l'armatura di Pegasus e una sera riesce a raggiungere Sasha, i due insieme ricordano i tempi passati tutti insieme con Aron. In Italia Aron rincontra Pandora che si offre di accompagnarlo a vedere il quadro nella cattedrale, giunti sul posto Aron corre incontro all'affresco e quando lo vede rimane sbigottito poiché il dio del quadro ha le fattezze di Aron e in quel momento nel giovane si risveglia lo spirito di Ade, il risveglio viene avvertito anche da Sasha in Grecia.

Al cospetto di Atena e del Grande Sacerdote giungono Cerbero, Sagitta e Auriga, gli unici sopravvissuti di una spedizione, ma i tre cavalieri, ormai specter, attaccano Atena ma vengono sconfitti da Dohko e Shion. Il Grande Sacerdote ordina ai due cavalieri d'oro di comandare un plotone di cavalieri nel posto in cui si è risvegliato Ade, al plotone viene aggregato anche Tenma che rimane sorpreso nello scoprire che Ade si è risvegliato nei pressi del suo villaggio e così corre all'orfanotrofio per sincerarsi delle condizioni dei suoi amici ma li trova Flegias del Licaone che viene facilmente sconfitto. Avvertendo la presenza di Tenma, Ade decide di raggiungerlo per terminare il suo ritratto, quando Tenma si trova di fronte ad Aron rimane sconvolto nello scoprire che in realtà essi è Ade. Aron, dinnanzi all'amico di un tempo, perde la sua umanità e i capelli da biondo diventano neri dopodiché completa il ritratto di Tenma uccidendolo. Sia Dohko che Shion tentano di contrastare Ade e i suoi specter e così il cavaliere della Bilancia si scontra brevemente con Kagaho di Bennu ma i due cavalieri d'oro sono costretti alla ritirata. Ade risveglia tutti i suoi specter ed invia un gruppo di essi capitanati dal Generale degli Inferi Minosse del Grifone ad attaccare il Santuario. Intanto tra le macerie del villaggio Yato dell'Unicorno è ancora vivo e viene raggiunto da una misteriosa ragazza.

Dohko e Shion fanno ritorno al Grande Tempio dove fanno rapporto ad Atena e al Grande Sacerdote i quali vengono informati della morte di Tenma. Alle rovine del villaggio in Italia, Yato viene raggiunto da una misteriosa guerriera chiamata Yuzuriha che informa il cavaliere dell'Unicorno che è possibile riportare in vita Tenma. Yuzuriha teletrasporta Yato e il cadavere di Tenma con se in Jamir dove risiede il suo maestro Hakurei, l'uomo conosce l'arte del riparare le armature e così ripara l'armatura dell'Unicorno poi informa Yato che Tenma non è ancora morto finché il bracciale di ghirlande fatto da Sasha anni prima, non appassirà e per salvarlo dovranno recarsi negl'inferi. Intanto Tenma riprende i sensi non rendendosi conto di essere negli inferi finché non si imbatte in Marchino che pretende di metterlo in fila con le altre anime ma Tenma se ne sbarazza subito finché uno specter di Ade non lo atterra e lo incatena. In Jamir Hakurei consegna a Yato una spada intrisa del cosmo di Atena che gli permette di scendere da vivo negli inferi, in questa missione l'accompagna Yuzuriha, Hakurei spedisce i due ragazzi negli inferi mediante il colpo del Cancro. I due ragazzi si ritrovano negli inferi nei pressi delle rovine dove è prigioniero Tenma osservato dallo specter Fedor della Mandragora. Yato e Yuzuriha si imbattono in Marchino che viene sconfitto facilmente da Yuzuriha ma questo attira l'attenzione di Fedor che attacca con il suo colpo segreto, un urlo che stordisce i due.

Nella loro missione negli inferi per salvare Tenma, Yato e Yuzuriha stanno combattendo contro lo specter Fedor di Mandragora, che li sta mettendo in difficoltà finché Tenma non riesce a liberarsi riuscendo a sconfiggere lo specter. Yato informa il cavaliere di Pegaso che è grazie alla ghirlanda sul suo polso se è ancora vivo, Yuzuriha informa i due che loro hanno una missione da portare a termine prima di abbandonare gli inferi. Al castello di Ade, il re degli Inferi continua la sua opera di distruzione con le sue tele finché l'arrivo di Pandora non lo informa della sconfitta di Fedor, intanto alle porte del Santuario giunge Minosse con la sua armata che ha già fatto strage dei cavalieri di guardia. Gli specter vengono accolti dal tappeto di rose di Albafica dei Pesci, alcuni specter che provano a passarlo ma sono vittime del veleno sprigionato da esse, altri invece sono uccisi dallo stesso Albafica che può starsene senza problemi a contatto con le sue rose poiché anche il suo sangue è velenoso. Niobe di Deep si offre di combatterlo e lo specter, con la sua fragranza malefica, distrugge il giardino di rose ma Albafica, prima che la fragranza di Niobe giunga al villaggio, riesce ad assorbirla tutta senza problemi, ciò lascia di stucco Niobe che viene poi sconfitto dal Crismon Thorn lanciato da Albafica. Vista la potenza dell'avversario Minosse si decide di sfidarlo personalmente, così con uno dei suoi colpi riesce ad estirpare il tappeto di rose. Albafica prova un attacco diretto ma senza successo, anzi viene imprigionato da Minosse con la Cosmic Marionettation favorendo l'avanzare dei suoi specter verso il villaggio di Rodorio. Albafica, per liberarsi dai fili che lo controllano, arriva al punto di spezzarsi un braccio in modo da poter riprendere il combattimento con Minosse.

Gli specter dell'armata di Minosse si dirigono verso il villaggio di Rodorio, ma vengono uccisi dalle rose bianche di Albafica che nel frattempo riesce a liberarsi parzialmente dalla Cosmic Marionettation, nonostante questo Minosse crede di avere la battaglia in pugno e invita Albafica a colpirlo. Il cavaliere dei Pesci scaglia il Crismon Thorn che però si infrange sulle ali della surplice di Minosse, dopodiché il cavaliere cade a terra stramazzato, il cosmo di Albafica che va spegnendosi viene avvertito anche da Dohko e Shion, che decide di andare a difendere il villaggio di Rodorio. Al villaggio giunge Minosse pronto a raderlo al suolo, quando incrocia una ragazza particolarmente legata ad Albafica che una volta gli prestò il mantello per ripararla dalla pioggia. Minosse sta per uccidere la ragazza ma l'intervento di Shion la salva, il cavaliere d'oro però cade subito vittima della Cosmic Marionettation finché una rosa nera non spezza tutti i fili. Albafica è tornato sul campo di battaglia pronto a concludere lo scontro chiedendo a Shion di rimanere in disparte. Minos propone ad Albafica la resa per non sciupare la sua bellezza, ma il cavaliere non ascoltandolo minimamente scaglia ancora una volta il Crismon Thorn, una volta lanciato l'attacco Albafica cade a terra avendo attaccato con tutte le forze che aveva. Minosse, dopo essersi difeso ancora una volta con le sue ali, si appresta a combattere contro Shion che gli fa notare la rosa conficcatagli da Albafica, una rosa bianca intrisa del suo veleno, in preda all'ira Minosse attacca il villaggio ma Shion lo difende con il Chrystall Wall, poi Minosse cade a terra senza vita. Shion viene raggiunto da Atla, messaggero dello Jamir, che informa Atena e il Sacerdote che gli specter di Ade sono immortali, così la dea erge una barriera nei confini del Santuario all'interno del quale gli specter non possono tornare in vita mentre Aron risveglia il suo esercito di specter.

Tenma, Yato e Yuzuriha devono raggiungere la magnolia che si trova nel regno degli inferi per portare a termine la missione assegnatagli da Hakurei, i tre cavalieri sulla strada si imbattono in Cerbero, il mostruoso cane a tre teste, che viene sconfitto da Tenma con le sue meteore. I tre cavalieri raggiungono la settima prigione degli inferi e lì si imbattono in Aron, il dio degli inferi ha raggiunto Tenma negli inferi per convincerlo a passare dalla sua parte ma quando il ragazzo rifiuta la proposta ricordandogli di essere un cavaliere di Atena, Aron decide di congedarsi dai tre cavalieri ricordando a Tenma che al loro prossimo incontro combatteranno. I tre cavalieri raggiungono la magnolia infernale e con loro sorpresa ad attenderli trovano Asmita, cavaliere d'oro della Vergine. Ai tre non è chiaro se Asmita sia dalla parte di Atena, questo sospetto tocca anche alcuni cavalieri d'oro del Santuario che vedono Asmita rinchiuso a meditare alla sesta casa incurante di quanto sta accadendo. Negli inferi, Asmita vuole testare le doti del Peccatore del Cielo, il cavaliere di Pegaso che è in grado di sconfiggere Ade ma Tenma con le sue motivazioni non sembrano convincere Asmita affermando che è meglio che la Terra sia in mano ad Ade e così scaglia Tenma attraverso i sei mondi ultraterreni. Il cavaliere di Pegaso riesce a sopravvivere al colpo così Asmita racconta che sin dai tempi del mito il cavaliere di Pegaso ha sempre ferito il corpo di Ade e così il dio tiene il suo corpo al sicuro nell'Elisio e sulla Terra si impossessa del corpo del giovane con il cuore più puro. Ascoltandolo Tenma ribadisce che il suo scopo è quello di proteggere Aron e Sasha.

Tenma prova ad attaccare ancora Asmita ma il cavaliere della Vergine lo priva dei cinque sensi, nel tentativo di fermare Asmita compare lo spirito di Atena ma il cavaliere non esita a trafiggere l'immagine della dea scatenando le ire di Tenma che si scaglia contro Asmita con tutte le sue forze. Ma quella di Asmita è solo un'illusione e Tenma ha colpito la magnolia facendo cadere i suoi frutti ma, dopo aver raccolto i frutti, subito dopo sviene venendo salvato da Yato e Yuzuriha che lo riportano nel mondo dei vivi. Intanto al Santuario, Asmita si scusa con Atena per i suoi dubbi e, dopo aver ricevuto il perdono della dea, si congeda dirigendosi nello Jamir. In oriente il cavaliere ritrova Tenma congratulandosi per aver portato a termine la missione, poi spiega che con i frutti della magnolia è possibile imprigionare le anime degli specter ma per farlo, Asmita deve espandere al massimo il suo cosmo. Intanto un manipolo di specter raggiunge il Jamir e assalta la torre e mentre Asmita attiverà il rosario è compito di Tenma, Yato e Yuzuriha fermare gli specter. Per aiutare i cavalieri, Hakurei ripara loro le armature e i cavalieri affrontano gli avversari che, nonostante i tremendi colpi subiti, ritornano subito in vita, i cavalieri sono ormai affaticati mentre Asmita inizia ad espandere il suo cosmo.