Dalla torre nei pressi dei 5 Picchi l'ultimo sigillo di Atena si rompe risvegliando così Ade e i suoi specter, ha così inizio una nuova Guerra Sacra.

Al Grande Tempio dinnanzi alla casa dell'Ariete si presentano due oscure figure: Fish e Cancer, cavalieri d'oro morti nella battaglia alle dodici case ma riportati in vita da Ade per uccidere la dea Atena. I due cavalieri attaccano il cavaliere dell'Ariete ma riesce a sconfiggerli senza grandi problemi, anche Pegasus giunge alla casa dell'Ariete ma Mur gli intima di lasciare il Santuario per ordine di Atena che non vuole che Pegasus e gli altri cavalieri prenderanno parte alla battaglia. Dopo Cancer e Fish anche Gemini, Acquarius e Capricorn giungono dinnanzi alla casa dell'Ariete ma passano grazie all'aiuto di un uomo incappucciato che ferma Mur, il cavaliere d'oro viene poi aiutato dall'anziano maestro che smaschera l'uomo rivelando la sua identità, Sion, precedente Grande Sacerdote e cavaliere d'oro dell'Ariete nonché compagno di battaglia nella precedente Guerra Sacra dell'anziano maestro. Nella sala di Atena la dea è in compagnia di Kanon che si è pentito ed ha giurato fedeltà alla dea che gli concede di indossare l'armatura d'oro dei Gemelli. Il nuovo cavaliere d'oro si impegna subito in uno scontro a distanza con il fratello Gemini che si trova alla terza casa. Sirio, Crystal e Andromeda vengono attaccati dai cavalieri d'argento ritornati in vita ma dopo averli sconfitti i tre decidono di recarsi al Grande Tempio, solo Phoenix ha deciso di non prendere parte alla battaglia al Grande Tempio. Intanto alla casa dell'Ariete l'anziano maestro rivela a Sion che lui ha passato 243 anni ai Cinque Picchi per sorvegliare sui sigilli di Atena e per farlo la dea gli ha donato il Misopethamenos, una tecnica tale da permettergli di rallentare i battiti del cuore in modo tale che per il cavaliere della Bilancia fossero passati solo 243 giorni e così dicendo risveglia il suo corpo tornando giovane per poter indossare la Sacra Armatura della Bilancia, i due guerrieri danno vita alla guerra dei 1000 giorni. I cavalieri resuscitati da Ade non sono gli unici invasori al Grande Tempio, anche un manipolo di specter inviato da Radamante percorre le scale delle 12 case, questi specter attraversano la casa del Toro che viene ucciso da Niobe che però viene a sua volta sconfitto dal cosmo del custode della seconda casa. Mur affronta e sconfigge Papillon permettendo a Pegasus di avanzare e riunirsi agli atri cavalieri. I tre traditori superano anche la casa del Cancro dopo aver combattuto con il cosmo di Virgo e la casa del Leone impegnato a fronteggiare Laimi, giunti alla casa della Vergine gli altri specter che li seguono vengono sconfitti con facilità da Virgo. Lo scontro tra i cavalieri si sposta nel giardino delgli Alberi Gemelli adiacente alla sesta casa dove Acquarius, Gemini e Capricorn ricorrono alla tecnica proibita di Atena “l'Urlo di Atena” uccidendo Virgo che però prima di sparire con il suo cosmo invia un messaggio a Lady Isabel. Abbandonato il giardino i tre cavalieri trovano ad aspettarli Ioria, Mur e Scorpio che a loro volta lanciano l'urlo di Atena contro gli antichi compagni, la forza dei due colpi è pari ma a far pendere l'ago della bilancia verso i cavalieri d'oro ci pensano i cavalieri di bronzo con i loro cosmi, la deflagrazione che provoca il colpo è tale da mandare in frantumi la casa della Vergine. Ioria, Scorpio e Mur su ordine di Lady Isabel portano i tre traditori al suo cospetto, lì la dea consegna a Gemini il pugnale con cui il cavaliere tentò di ucciderla quando ancora era bambina e chiede a Gemini di colpirla, dopo di che Gemini e gli altri abbandonano il Grande Tempio dove resta il solo Sion che spiega la verità a Pegasus e gli altri cavalieri, ovvero farsi passare per traditori per far si che la dea Atena potesse scendere negli inferi poi con il sangue della dea rigenera le armature dei cavalieri di bronzo poi risveglia l'armatura di Atena consegnandola a Pegasus. Al palazzo di Pandora che collega questo mondo con gli inferi, Gemini, Capricorn e Acquarius si preparano ad affrontare Pandora ma le 12 ore si esauriscono e tornano nel mondo dei morti mentre Scorpio, Mur e Ioria affrontano Radamante che li spedisce nel Cocito dopodiché affronta Pegasus, Sirio, Andromeda e Crystal, nello scontro i cavalieri riescono a risvegliare l'ottavo senso e scendono negli inferi, anche Kanon e Dokho riescono a risvegliare l'ottavo senso e scendono negli inferi.

Una volta arrivati negli inferi i cavalieri si ritrovano divisi, Pegasus e Andromeda insieme percorrono un sentiero che li conduce alla porta degli inferi sulla quale c'è scritta la frase “Lasciate ogni speranza o voi che entrate” così i due cavalieri si promettono a vicenda che qualsiasi cosa succeda non perderanno mai la speranza. Giunti all'Acheronte si imbattono in Caronte, lo specter che traghetta le anime dei defunti attraverso l'Acheronte, che si offre si accompagnarli sull'altra sponda in cambio del medaglione di Andromeda ma giunti al capolinea lo specter attacca i cavalieri ma viene poi sconfitto da Pegasus. Dopo lo scontro i due cavalieri giungono al tribunale silenzioso alla prima prigione difeso da Lune che però è vittima delle illusioni di Kanon dei Gemelli dal quale viene sconfitto. Dopo lo scontro con Lune Kanon si appresta ad affrontare Radamante ma subito dopo lo specter viene richiamato da Pandora alla Giudecca, Pegasus e Andromeda proseguono la loro corsa verso la seconda prigione dove si scontrano con Pharao della Sfinge la cui musica mette in difficoltà i due cavalieri, durante lo scontro giunge Orpheo, il cavaliere leggendario dalla musica sublime, che colpisce Pegasus e Andromeda rapendoli, una volta ripresi i due cavalieri si ritrovano in un giardino fiorito al centro del quale c'è una ragazza pietrificata dal busto in giù, Euridice, l'eterno amore di Orpheo, il quale discese negli inferi per liberare la sua amata, Ade, dopo aver ascoltato la sua musica accettò la sua richiesta a patto però di non voltarsi finché non vedesse la luce del sole, il cavaliere convinto di essere giunto alla meta si volta e trova la sua amata pietrificata, da allora decise di rimanere negli inferi vicino alla sua amata. Sul luogo giunge anche Pharao che confessa che il bagliore che condannò Orpheo fù opera sua e così i due danno vita ad uno scontro che vede vincitore Orpheo e decide di unirsi a Pegasus e Andromeda. Orpheo vuole sfruttare il fatto che suonerà alla Giudecca in presenza di Pandora e dei tre giudici di Ade, Orpheo con la sua melodia addormenta i presenti tranne Radamante che attacca Orpheo, nello scontro il cavaliere d'argento viene ferito mortalmente da Radamante mentre Ade si impossessa del corpo di Andromeda e Pegasus viene scaraventato nel Cocito. Nel frattempo Kanon continua la sua corsa con Sirio e Crystal, i tre si separano alla quinta prigione dove Kanon si appresta ad affrontare Radamante che è accompagnato da Eaco e Minosse, in aiuto di Kanon giunge Phoenix, il cavaliere della Fenice affronta Eaco sconfiggendolo, dopo lo scontro Phoenix viene teletrasportato nella Giudecca dove trova suo fratello posseduto da Ade che gli rivela la volontà di sterminare l'umanità con un'eclissi eterna di sole, Phoenix con qualche remora affronta il dio nel tentativo di liberare il fratello ma viene facilmente sconfitto e gettato nel Cocito. Dopo lo scontro con Phoenix Ade viene raggiunto da Atena e Virgo, lo scontro tra gli dei fa sì che il cavaliere di Andromeda sia libero dello spirito di Ade, Atena viene risucchiata con Ade nei Campi Elisi. Nel Cocito Pegasus si risveglia e sconfigge lo specter Valentine dell'Arpia, subito dopo il cosmo di Atena raggiunge il Cocito e libera Phoenix e i cavalieri d'oro. Nella Giudecca tutti i cavalieri si ritrovano dinnanzi al Muro del Lamento tentando invano di scalfirlo ma Dokho rivela che per distruggerlo c'è bisogno della luce del sole che solo il cosmo dei 12 cavalieri d'oro riuniti può creare. Alla Giudecca arrivano così anche le armature d'oro dei cavalieri defunti che vengono indossati dai loro spiriti, anche Kanon alla quinta prigione si libera dell'armatura dei Gemelli per riconsegnarla a Gemini dopo di che affronta Radamante e per batterlo brucia il suo cosmo fino ai suoi limiti. Dinnanzi al Muro del Lamento si riuniscono tutti e 12 i cavalieri d'oro e il tutti convogliano il loro cosmo sulla punta della freccia d'oro di Micene mandando in frantumi il Muro del Lamento a costo delle loro vite.

Dopo il sacrificio dei cavalieri d'oro Pegasusm Sirio, Andromeda e Crystal riescono a superare la superdimensione che divide gli Inferi e l'Elisio grazie alle loro armature bagnate dal sangue di Atena e da cui spuntano delle ali per raggiungere l'Elisio, Minosse nel tentativo di fermarli si lancia nella superdimensione ma viene distrutto. Pandora raggiunge la Giudecca con Phoenix al quale regala la sua collana magica che gli permetterà di superare la superdimensione poi avverte il cavaliere della Fenice di fare attenzione a Hypno e Thanato, dei fedeli ad Ade che lei stessa risveglio da bambina poi però viene uccisa del potere di Thanato che è in grado di uccidere a distanza. Nell'Elisio Pegasus inizia uno scontro disperato contro Thanato ma riesce a malapena a ferirlo ad un dito, la rabbia del dio si scatena su Patricia, la sorella di Pegasus che Castalia ha ritrovato dopo che questa si recò in Grecia n cerca del fratello ma a causa di una caduta perse la memoria, ma Kiki, Tisifone, Castalia e gli altri cavalieri rimasti proteggono la giovane con i loro cosmi dagli attacchi di Thanato. Pegasus riprende lo scontro con Thanato e a lui si aggiungono anche Sirio, Phoenix, Crystal e Andromeda ma la potenza del dio è tale da mandare in frantumi le corazze dei cavalieri ma in loro aiuto giungono le armature d'oro del Sagittario, dell'Acquario, della Bilancia, del Leone e della Vergine, i cinque cavalieri indossano le corazze d'oro e insieme attaccano il dio che anche questa volta rimane illeso e con il suo attacco manda in frantumi anche le armature d'oro. Ormai demoralizzati i cavalieri sono allo stremo delle forze ma Pegasus sentendo le preghiere del cosmo di Lady Isabel si rialza ancora una volta e brucia al massimo il suo cosmo così dai frammenti della sua armatura nasce l'armatura divina di Pegasus grazie al sangue di Atena che ha bagnato l'armatura di bronzo. Una volta alla pari Pegasus riprende lo scontro con Thanato sconfiggendolo poi si avvia al mausoleo di Ade seguito da Phoenix mentre Crystal, Sirio e Andromeda bruciando il loro cosmi riescono a rievocare le armature divine e sconfiggere Hypno. Al mausoleo Pegasus e Phoenix, che intanto è riuscito a generare l'armatura divina della Fenice toccando il sangue di Atena, tentano di infrangere la sacra giara che tiene imprigionata la dea ma una volta visto che i loro sforzi sono inutili decidono di eliminare il corpo del dio degli inferi ma una aperto il sarcofago lo spirito di Ade si riunisce al suo corpo e spazza via i due cavalieri poi si appresta a colpire la giara dov'è rinchiusa Atena, intanto sulla Terra l'Eterna Eclissi pare ormai completa. I cavalieri provano tutti insieme a più riprese ad attaccare Ade anche con attacchi congiunti che però non sembrano avere minimamente effetto anzi il dio si appresta a lanciare il colpo mortale a Pegasus con la sua spada ma Pegasus e i suoi compagni sono avvolti da una sfera di energia generata da Atena che liberatasi dalla giara indossa la Sacra Armatura di Atena con cui si inizia lo scontro con Ade e quando questi si appresta a colpire Atena Pegasus infrange la sfera e si frappone tra i due dei colpendo Ade scaraventandolo contro una parete del mausoleo ma viene trafitto al cuore dalla spada di Ade e si accascia tra le braccia di Atena, i quattro amici piangono l'amico e uniscono i loro cosmi a quello di Atena che trafigge Ade sconfiggendolo e pone fine all'Eterna Eclissi.